Está conformada por 19 Partes de las Américas que ratificaron el Acuerdo de Montevideo. Como principal órgano encargado de formular las políticas del Instituto, establece, examina y actualiza sus políticas y procedimientos. También revisa y aprueba su Agenda Científica, así como sus planes y presupuesto anuales y de largo plazo.
Compuesto por nueve países miembros, elegidos por la Conferencia de las Partes por períodos de dos años, el Consejo Ejecutivo formula recomendaciones acerca de las políticas del Instituto para someterlas a la consideración y aprobación de la Conferencia de las Partes, y observa que las políticas adoptadas por la CoP sean implementadas por la Dirección.
El SAC está integrado por diez miembros elegidos por la Conferencia de las Partes por períodos de tres años. Como principal órgano asesor en ciencia, formula recomendaciones a la Conferencia de las Partes sobre la Agenda Científica, los planes de largo plazo y el programa anual del Instituto. También dirige el sistema de revisión por pares para evaluar propuestas científicas y los resultados obtenidos en los programas científicos financiados por el IAI.
El SPAC fue creado en la CoP de 2013 con el fin de brindar asesoramiento a la CoP y a las Direcciones del IAI en materia de la aplicación y el diseño de la ciencia para la formulación de políticas y la toma de decisiones. Su membresía inicial fue aprobada en la CoP del IAI de 2014. Este grupo fue el encargado de definir los términos de referencia y demás reglas de funcionamiento del Comité.
La Dirección Ejecutiva del IAI está ubicada en Montevideo, Uruguay y se encuentra a cargo del Director Ejecutivo del IAI, elegido por la Conferencia de las Partes y responsable de los programas y el funcionamiento del IAI.
La Conferencia de las Partes podrá invitar a asociarse al Instituto a Estados externos a la región y a organismos intergubernamentales regionales o internacionales, así como a las industrias y otras organizaciones no gubernamentales y privadas interesadas en apoyar la Agenda Científica y las actividades programáticas del Instituto.
Los asociados del Instituto son: